一、营利性医疗机构税收政策
1、对营利性医疗机构取得的收入，按规定征收各项税收。但为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内给予下列优惠：对其取得的医疗服务收入免征营业税;对其自产自用的制剂免征增值税;对营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车般使用税。3年免税期满后恢复征税。
2、对营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。
二、营利性与非营利性医疗机构的区别
1、经营目标不同。营利性医疗机构运行的目标是追求利润最大化;非营利性医疗机构运行目标是为特定社会目标，不以赚钱为目的。
2、分配方式不同。营利性医疗机构盈利后，投资者对税后利润可以分红，非营利性医疗机构不以赚钱为目的，但为了扩大医疗规模，也可适当盈利，但这种盈利只能用于自身发展，不能分红。
3、处置财产方式不同。营利性医疗机构经营不善而终止服务，投资者个人可以自行处置其剩余财产;而非营利性医疗机构终止服务后，其剩余财产只能由社会管理部门或其他非营利性医疗机构处置。
4、收支结余的用途不同。营利性医疗机构的收支结余是用于投资者回报。非营利性医疗机构的收支、结余不能用于投资者回报，也不能为其职工变相分配，所有利润和盈余只能投入到机构的再发展中，用于购买设备，引进技术，开展新的服务项目或向公民提供低成本的医疗卫生服务。
5、是否享受财产补贴。政府办的县及县以上非营利性医疗机构，以定向补助为主，由同级财政安排。营利性医疗机构没有任何财政补助。
6、价格标准不同。营利性医疗机构提供的医疗服务实行市场调节价，医疗机构根据实际服务成本或市场供求情况自主制订价格，非营利性医疗机构提供的医疗服务实行政府指导价，医疗机构按照主管部门制订的基准价，并在其浮动范围内，确定其本单位实际医疗服务价格。根据卫生部、财政部、国家计委《关于城镇医疗机构实施分类管理的意见》中指出：“城镇个体诊所股份制、股份合作制和中外合资医疗机构一般定为营利性医疗机构。”