一、营业税
纳税人在中华人民共和国境内提供《中华人民共和国营业税暂行条例》规定的应税劳务、转让无形资产或者销售不动产的，为营业税的纳税人，应当按照营业额和规定的税率计算缴纳营业税。
医院、诊所和其他医疗机构提供的医疗服务，免征营业税。医院、诊所和其他医疗机构提供的其他劳务如出租设备、房产、土地，转让无形资产、销售不动产等依法应当缴纳营业税。
二、房产税、土地使用税
(一)自用房产、土地
1、非营利性医疗机构自用的房产、土地，免征房产税、城镇土地使用税。
2、营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，三年内给予下列优惠：对营利性医疗机构自用的房产、土地免征房产税、城镇土地使用税。三年免税期满后恢复征税。
(二)出租房产、土地
医院、诊所和其他医疗机构出租的房产、土地，应依法缴纳房产税、城镇土地使用税。以房产租金收入为房产税的计税依据，税率为12%.土地使用税以纳税人实际占用的土地面积为计税依据，依照规定税额计算征收。其实际占用土地的面积，按土地使用证书确认的土地面积计算。
三、企业所得税
凡经国家有关部门批准、依法注册、登记的具有独立法人资格的医疗机构，其取得的生产经营所得和其他所得，应当征收企业所得税。医疗卫生机构的收入，除国务院或财政部、国家税务总局规定免征企业所得税的项目外，其他一切收入都应并入其应纳税收入总额，依法计征企业所得税。
医疗机构取得的应纳税收入总额(包括租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等非医疗服务收入)，减去税收政策规定允许扣除的与取得收入有关的成本、费用、损失后的余额，为应纳税所得额。对取得应纳税收入有关的成本、费用、损失与免纳税收入有关的成本、费用、损失应分别核算。确实难以划分清楚的，可由主管税务机关采取分摊比例法或其他合理的方法确定。确实无法查账的，可以实行核定征收方式。
免征企业所得税的项目如下：
1、取得的符合《财政部、国家税务总局关于财政性资金、行政事业性收费、政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》(财税[2008]151号)和《财政部、国家税务总局关于专项用途财政性资金有关企业所得税处理问题的通知》(财税[2009]87号)规定的财政性资金收入;
2、非营利性医疗机构取得的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益;
3、非营利性医疗机构取得非营利组织免税资格认定后，对符合条件的非营利组织收入可以享受免税收入的优惠政策(《财政部 国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》(财税[2009]122号)。具体范围如下：
(1)接受其他单位或者个人捐赠的收入;
(2) 除《中华人民共和国企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入;
(3) 按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费;
(4)不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入;
(5) 财政部、国家税务总局规定的其他收入。
4、财政部、国家税务总局规定的其他免税收入。
医疗机构应将与上述免税收入的有关文件资料和证明材料，报主管税务机关核实备案。未经税务机关备案的，一律不得享受免征企业所得税优惠政策。
经认定为非营利组织的非营利性医疗机构除享受非营利组织企业所得税税收优惠外，还可以享受《企业所得税法》及其实施条例等税收规范性文件规定的其他税收优惠政策。
有生产经营所得和其他所得的医疗机构，应按照《税收征收管理法》等的规定，按期进行纳税申报并使用税务发票，按规定可使用财政收据的除外。