(二)企业合并时，对于吸收合并，被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。
(三)企业分立，被分立企业不再继续存在时，被分立企业及其股东都应按清算进行所得税处理。
企业重组遵循的原则
企业在重组的同时应该遵循以下四项原则，以确保企业的合法性、合理性、可操作性、全面性，这样有利于企业的全面发展。
1.合法性原则
在涉及所有权、使用权、经营权、抵押权、质权和其他物权，专利、商标、著作权、发明权、发现权、其他科技成果权等知识产权，以及购销、租赁、承包、借贷、运输、委托、雇佣、技术、保险等各种债权的设立、变更和终止时，毫无疑问的是只有合法，才能得到法律的保护，才能避免无数来自国家的、部门的、地方的、他人的法律风险。
2.合理性原则
在组合各种资产、人员等要素的过程中效益始终是第一位的。其次是合理的前提--稳定性。只有稳定衔接的基础上才能出效益。再次是合理地操作--诚信原则。只有诚信地履行并购协议，才能让重新组合的各个股东和雇员对新的环境树立信心。
3.可操作性原则
所有的步骤和程序应当是在现有的条件下可以操作的，或者操作所需的条件是在一定的时间内可创造的，不存在不可逾越的法律和事实障碍。
4.全面性原则
要切实处理好中国企业的九大关系--党、政、群、人、财、物、产、供、销，才能不留后遗症，否则，后患无穷。